上述的每个方法都有自己的优势,并且在推动这一重要领域的发展起到了一定的作用。但同时,这些方法也有一些缺陷,体现在下面几点:(i)虽然提出来的这些预测器每个功能都很强大,但是却没有有效的方法来组合它们以进一步提高预测的性能。(ii)这些方法中没有一个可以允许用户设置他们期望预测的参数,因此用户难以根据他们的需求来使用并优化这些预测器系统。(iii)除了RF-DYMHC方法(Jiang等人,2007),其他的预测方法都不能直接用于全基因组分析。即使对于RF-DYMHC预测方法,也不是很精确,因为其窗口大小是任意的。


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